Mutations in the SARS CoV-2 spike protein may cause functional changes in the protein quaternary structure

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-7526-9835en_US
dc.contributor.authorAkbulut, Ekrem
dc.date.accessioned2021-11-24T08:07:16Z
dc.date.available2021-11-24T08:07:16Z
dc.date.issued2021en_US
dc.departmentMTÖ Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümüen_US
dc.description.abstractObjectives: This study aimed to model the changes resulting from mutations in surface (spike/S) glycoproteins, which play a key role in the entry of the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS CoV-2) into host cells, in a protein quaternary structure and to evaluate their possible effects on the functional structure. Methods: Genome sequence information of SARS CoV-2-infected patients located in Turkey was obtained from the GISAID EpiCoV database. Structural analysis of spike proteins was done using bioinformatics tools (MAFFT, PSIPRED, ProMod3, PyMoL and DynOmics). Results: We identified 76 Thr>Ile mutations in the N-terminal domain; 468 Ile>Val mutations in the receptor binding site and 614 Asp>Gly, 679 Asn>Lys, 771 Ala>Val and 772 Val>Ile mutations in the S1 subunit. It has been observed that the mutations, except those of residues 771 and 772, may cause significant conformational, topological and electrostatic changes in a protein quaternary structure. It has been determined that the mutations in the receptor binding site transform the protein structure into a formation that can mask the binding site and affect receptor affinity. Conclusions: It has been considered that SARS CoV-2 S glycoprotein mutations may cause changes in a protein functional structure that can affect the severity of disease.en_US
dc.description.abstractAmaç: Bu çalışmada, şiddetli akut solunum sendromu koronavirüsü-2?nin (SARS CoV-2) konakçı hücrelere girişinde anahtar rol oynayan yüzey (spike/S) glikoproteini, mutasyonların proteinin kuaterner ve fonksiyonel yapısı üzerindeki olası etkilerini değerlendirmek amacı ile modellendi. Gereç ve yöntem: Türkiye’de yerleşik SARS CoV-2 ile enfekte hastaların genom sekans bilgileri GISAID EpiCoV veri tabanından elde edildi. Spike proteinlerin yapısal analizi biyoinformatik araçlar (MAFFT, PSIPRED, ProMod3, PyMoL ve DynOmics) kullanılarak yapıldı. Tartışma: N-terminal bölgesinde 76 Thr>Ile, reseptör bağlanma bölgesinde 468 Ile>Val, S1 alt biriminde 614 Asp>Gly, 679 Asn>Lys, 771 Ala>Val ve 772 Val>Ile mutasyonlarını tanımladık. 771 ve 772 rezidüleri dışındaki mutasyonların, protein kuaterner yapısında önemli konformasyonel, topolojik ve elektrostatik değişikliklere neden olabileceği gözlenmiştir. Reseptör bağlanma bölgesindeki mutasyonların, protein yapısını, bağlanma sahasını maskeleyebilecek ve reseptör afinitesini etkileyebilecek bir formasyona dönüştürdüğü belirlenmiştir. Sonuç: SARS CoV-2 S glikoprotein mutasyonlarının, protein fonksiyonel yapısında hastalık şiddetini etkileyebilecek değişikliklere neden olabileceği düşünülmektedir.en_US
dc.identifier.citationAkbulut, E. (2021). Mutations in the SARS CoV-2 spike protein may cause functional changes in the protein quaternary structure. Turkish Journal of Biochemistry, 46(2), 137-144.en_US
dc.identifier.doi10.1515/tjb-2020-0290
dc.identifier.endpage144en_US
dc.identifier.issn0250-4685en_US
dc.identifier.issn1303-829Xen_US
dc.identifier.issue2en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-85106219998en_US
dc.identifier.scopusqualityQ4en_US
dc.identifier.startpage137en_US
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.1515/tjb-2020-0290
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12899/488
dc.identifier.volume46en_US
dc.identifier.wosWOS:000771574900001en_US
dc.identifier.wosqualityQ4en_US
dc.indekslendigikaynakWeb of Scienceen_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.institutionauthorAkbulut, Ekrem
dc.language.isoenen_US
dc.publisherTurkish Journal of Biochemistryen_US
dc.relation.ispartofTürk Biyokimya Derneğien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectCOVID19en_US
dc.subjectMutationen_US
dc.subjectQuaternary structureen_US
dc.subjectS glycoproteinen_US
dc.subjectSARS CoV-2en_US
dc.subjectS glikoproteinen_US
dc.subjectMutasyonen_US
dc.subjectKuaterner yapıen_US
dc.subjectSARS CoV-2en_US
dc.titleMutations in the SARS CoV-2 spike protein may cause functional changes in the protein quaternary structureen_US
dc.title.alternativeSARS CoV-2 spike proteinindeki mutasyonlar, protein kuaterner yapısında fonksiyonel değişikliklere neden olabiliren_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Ekrem Akbulut - Makale Dosyası.pdf
Boyut:
4.66 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Full Text / Tam Metin
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Biyomühendislik Bölümü Koleksiyonu
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu