Endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 polymorphism increases the risk of rheumatoid arthritis

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-7526-9835en_US
dc.contributor.authorAkbulut, Ekrem
dc.contributor.authorYıldırım, Tülay
dc.contributor.authorÖztürk, Onur
dc.date.accessioned2022-03-31T12:28:44Z
dc.date.available2022-03-31T12:28:44Z
dc.date.issued2022en_US
dc.departmentMTÖ Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümüen_US
dc.descriptionAhead of Print / Just Accepteden_US
dc.description.abstractObjectives: Endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 (ERAP1) polymorphic changes cause autoimmunity. To understand the contribution of ERAP1 to the occurrence of rheumatoid arthritis (RA) disease, we investigated the relationship between ERAP1 and RA. Methods: This study was conducted with 201 patients and 171 healthy controls. The rs26653, rs27044, rs27582, rs28096, and rs30187 polymorphic regions of ERAP1 were investigated. The comparison was done with Arlequin software and logistic regression. Haplotypes were analyzed with Phylogenetic Network software. ERAP1 was modeled using Promod3. Topological changes in ERAP1were analyzed with TM-Score. Results: The results showed that rs26653G>C (p=0.002, OR=2.001, 95%CI=1.276–3.137), rs27044C>G (p=0.037, OR=1.583, 95%CI=1.028–2.440), rs27582G>A (p<0.05, OR=0.348, 95%CI=0.194–0.622) and rs30187C>T (p=0.006, OR=1.849, 95%CI=1.191–2.870) polymorphisms are associated with RA disease risk. The relationship between rs28096 polymorphism and RA disease risk could not be determined (p=0.509). The risk haplotype for rheumatoid arthritis was determined as [CGAAT]. It was determined that polymorphisms of ERAP1 cause changes in the entry pocket of substrate and ligand. Conclusions: We report a haplotype [CGAAT] that is associated with RA risk from Turkey that has not been described before. These data will make important contributions to elucidating the molecular mechanism of RA.en_US
dc.description.abstractAmaç: Endoplazmik retikulum aminopeptidaz-1 (ERAP1) polimorfik değişiklikleri otoimmüniteye neden olur. ERAP1? in, romatoid artrit (RA) hastalığının oluşumuna katkısını anlamak için ERAP1 ve RA arasındaki ilişkiyi araştırdık. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışma 201 hasta ve 171 sağlıklı kontrol ile yapılmıştır. ERAP1?in rs26653, rs27044, rs27582, rs28096 ve rs30187 polimorfik bölgeleri araştırıldı. Karşılaştırma Arlequin yazılımı ve lojistik regresyon ile yapıldı. Haplotipler, Phylogenetic Network yazılımı ile analiz edildi. ERAP1, Promod3 kullanılarak modellenmiştir. ERAP1?deki topolojik değişiklikler TM-Score ile analiz edildi. Bulgular: Sonuçlar, rs26653G>C (p=0.002, OR=2.001, 95%CI=1.276–3.137), rs27044C>G (p=0.037, OR=1.583, 95%CI=1.028–2.440), rs27582G>A (p<0.05, OR=0.348, 95% CI=0.194–0.622) and rs30187C>T (p=0.006, OR=1.849, 95% CI=1.191–2.870) polimorfizminin RA hastalık riski ile ilişkili olduğunu gösterdi. rs28096 polimorfizmi ile RA hastalığı riski arasındaki ilişki belirlenemedi (p=0.509). Romatoid artrit için risk haplotipi [CGAAT] olarak belirlendi. ERAP1 polimorfizmlerinin substrat ve ligandın giriş cebinde değişikliklere neden olduğu belirlendi.Sonuç: Türkiye’den RA riski ile ilişkili daha önce tanımlanmamış bir haplotip [CGAAT] bildiriyoruz. Bu veriler, RA’nın moleküler mekanizmasının aydınlatılmasına önemli katkılar sağlayacaktır.en_US
dc.identifier.citationAkbulut, E., Yıldırım, T., Öztürk,O(2022). Endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 polymorphism increases the risk of rheumatoid arthritis. Turkish Journal of Biochemistry, 2022(Ahead of Print / Just Accepte).en_US
dc.identifier.doi10.1515/tjb-2022-0007
dc.identifier.issn1303-829Xen_US
dc.identifier.issue2022(Ahead of Print / Just Accepte)en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-85146382574en_US
dc.identifier.scopusqualityQ4en_US
dc.identifier.urihttps://www.degruyter.com/journal/key/tjb/html
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12899/881
dc.identifier.wosWOS:000772130800001en_US
dc.identifier.wosqualityQ4en_US
dc.indekslendigikaynakWeb of Scienceen_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.institutionauthorAkbulut, Ekrem
dc.institutionauthorÖztürk, Onur
dc.language.isoenen_US
dc.relation.ispartofTurkish Journal of Biochemistryen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectAutoimmunityen_US
dc.subjectERAP1en_US
dc.subjectGenetic predispositionen_US
dc.subjectPeptide presentationen_US
dc.subjectRheumatoid arthritisen_US
dc.subjectOtoimmüniteen_US
dc.subjectGenetik yatkınlıken_US
dc.subjectPeptid sunumuen_US
dc.subjectRomatoid artriten_US
dc.titleEndoplasmic reticulum aminopeptidase-1 polymorphism increases the risk of rheumatoid arthritisen_US
dc.title.alternativeEndoplazmik retikulum aminopeptidaz-1 polimorfizmi romatoid artrit riskini artırıren_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Makale Dosyası.pdf
Boyut:
2.92 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Makale Dosyası
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Biyomühendislik Bölümü Koleksiyonu
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu