Endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 polymorphism increases the risk of rheumatoid arthritis
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2022
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Objectives: Endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 (ERAP1) polymorphic changes cause autoimmunity. To understand the contribution of ERAP1 to the occurrence of rheumatoid arthritis (RA) disease, we investigated the relationship between ERAP1 and RA. Methods: This study was conducted with 201 patients and 171 healthy controls. The rs26653, rs27044, rs27582, rs28096, and rs30187 polymorphic regions of ERAP1 were investigated. The comparison was done with Arlequin software and logistic regression. Haplotypes were analyzed with Phylogenetic Network software. ERAP1 was modeled using Promod3. Topological changes in ERAP1were analyzed with TM-Score. Results: The results showed that rs26653G>C (p=0.002, OR=2.001, 95%CI=1.276–3.137), rs27044C>G (p=0.037, OR=1.583, 95%CI=1.028–2.440), rs27582G>A (p<0.05, OR=0.348, 95%CI=0.194–0.622) and rs30187C>T (p=0.006, OR=1.849, 95%CI=1.191–2.870) polymorphisms are associated with RA disease risk. The relationship between rs28096 polymorphism and RA disease risk could not be determined (p=0.509). The risk haplotype for rheumatoid arthritis was determined as [CGAAT]. It was determined that polymorphisms of ERAP1 cause changes in the entry pocket of substrate and ligand. Conclusions: We report a haplotype [CGAAT] that is associated with RA risk from Turkey that has not been described before. These data will make important contributions to elucidating the molecular mechanism of RA.
Amaç: Endoplazmik retikulum aminopeptidaz-1 (ERAP1) polimorfik değişiklikleri otoimmüniteye neden olur. ERAP1? in, romatoid artrit (RA) hastalığının oluşumuna katkısını anlamak için ERAP1 ve RA arasındaki ilişkiyi araştırdık. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışma 201 hasta ve 171 sağlıklı kontrol ile yapılmıştır. ERAP1?in rs26653, rs27044, rs27582, rs28096 ve rs30187 polimorfik bölgeleri araştırıldı. Karşılaştırma Arlequin yazılımı ve lojistik regresyon ile yapıldı. Haplotipler, Phylogenetic Network yazılımı ile analiz edildi. ERAP1, Promod3 kullanılarak modellenmiştir. ERAP1?deki topolojik değişiklikler TM-Score ile analiz edildi. Bulgular: Sonuçlar, rs26653G>C (p=0.002, OR=2.001, 95%CI=1.276–3.137), rs27044C>G (p=0.037, OR=1.583, 95%CI=1.028–2.440), rs27582G>A (p<0.05, OR=0.348, 95% CI=0.194–0.622) and rs30187C>T (p=0.006, OR=1.849, 95% CI=1.191–2.870) polimorfizminin RA hastalık riski ile ilişkili olduğunu gösterdi. rs28096 polimorfizmi ile RA hastalığı riski arasındaki ilişki belirlenemedi (p=0.509). Romatoid artrit için risk haplotipi [CGAAT] olarak belirlendi. ERAP1 polimorfizmlerinin substrat ve ligandın giriş cebinde değişikliklere neden olduğu belirlendi.Sonuç: Türkiye’den RA riski ile ilişkili daha önce tanımlanmamış bir haplotip [CGAAT] bildiriyoruz. Bu veriler, RA’nın moleküler mekanizmasının aydınlatılmasına önemli katkılar sağlayacaktır.
Amaç: Endoplazmik retikulum aminopeptidaz-1 (ERAP1) polimorfik değişiklikleri otoimmüniteye neden olur. ERAP1? in, romatoid artrit (RA) hastalığının oluşumuna katkısını anlamak için ERAP1 ve RA arasındaki ilişkiyi araştırdık. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışma 201 hasta ve 171 sağlıklı kontrol ile yapılmıştır. ERAP1?in rs26653, rs27044, rs27582, rs28096 ve rs30187 polimorfik bölgeleri araştırıldı. Karşılaştırma Arlequin yazılımı ve lojistik regresyon ile yapıldı. Haplotipler, Phylogenetic Network yazılımı ile analiz edildi. ERAP1, Promod3 kullanılarak modellenmiştir. ERAP1?deki topolojik değişiklikler TM-Score ile analiz edildi. Bulgular: Sonuçlar, rs26653G>C (p=0.002, OR=2.001, 95%CI=1.276–3.137), rs27044C>G (p=0.037, OR=1.583, 95%CI=1.028–2.440), rs27582G>A (p<0.05, OR=0.348, 95% CI=0.194–0.622) and rs30187C>T (p=0.006, OR=1.849, 95% CI=1.191–2.870) polimorfizminin RA hastalık riski ile ilişkili olduğunu gösterdi. rs28096 polimorfizmi ile RA hastalığı riski arasındaki ilişki belirlenemedi (p=0.509). Romatoid artrit için risk haplotipi [CGAAT] olarak belirlendi. ERAP1 polimorfizmlerinin substrat ve ligandın giriş cebinde değişikliklere neden olduğu belirlendi.Sonuç: Türkiye’den RA riski ile ilişkili daha önce tanımlanmamış bir haplotip [CGAAT] bildiriyoruz. Bu veriler, RA’nın moleküler mekanizmasının aydınlatılmasına önemli katkılar sağlayacaktır.
Açıklama
Ahead of Print / Just Accepted
Anahtar Kelimeler
Autoimmunity, ERAP1, Genetic predisposition, Peptide presentation, Rheumatoid arthritis, Otoimmünite, Genetik yatkınlık, Peptid sunumu, Romatoid artrit
Kaynak
Turkish Journal of Biochemistry
WoS Q Değeri
Q4
Scopus Q Değeri
Q4
Cilt
Sayı
2022(Ahead of Print / Just Accepte)
Künye
Akbulut, E., Yıldırım, T., Öztürk,O(2022). Endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 polymorphism increases the risk of rheumatoid arthritis. Turkish Journal of Biochemistry, 2022(Ahead of Print / Just Accepte).
