Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® vanA/vanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması
Küçük Resim Yok
Tarih
2014
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Vankomisine dirençli enterokoklar (VRE), tüm dünyada önemli hastane enfeksiyonu etkenlerinden biridir. VRE kolonizasyonunun erken tespit edilebilmesi, oluşabilecek hastane enfeksiyonlarının kontrolün- de önemlidir. Bu çalışmada, VRE kolonizasyonunun tespitinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) ile kültür yönteminin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2013-Eylül 2013 tarihleri arasında hastanemizin yoğun bakım üniteleri (YBÜ)’nde yatmakta olan hastalardan (142’si dahili, 68’i cerrahi YBÜ) alınan 210 perirektal sürüntü örneği dahil edilmiştir. Örnekler eşzamanlı olarak Rt-PCR (GeneXpert® vanA/vanB, Cepheid, ABD) ve kültür yöntemiyle değerlendirilmiştir. Kültür için örnekler enterokokosel agar besiyerine ekilerek 37oC’de inkübe edilmiş; kültürdeki üremeler üç gün boyunca gün- lük olarak değerlendirilmiştir. Üreyen koloniler konvansiyonel yöntemler ve otomatize Vitek 2.0 sistemi (BioMérieux, Fransa) kullanılarak tanımlanmıştır. İzolatların direnç durumu E-test (BioMérieux, Fransa) ile doğrulanmıştır. PCR yöntemi ile örneklerin 76 (%36.1)’sında VRE saptanmış; 70’i vanA, ikisi vanB ve dördü vanA + vanB pozitif olarak tespit edilmiştir. Kültür yöntemi ile aynı örneklerin 71 (%33.8)’inden VRE izolasyonu yapılmıştır. Yetmiş bir örneğin 39’unda birinci, 29’unda ikinci, üçünde ise üçüncü gün üreme izlenmiştir. PCR ile vanB pozitif tespit edilen iki örnek, kültürde üreyen kolonilerin Vitek 2 cihazı ile değerlendirilmesi sonucu vankomisine duyarlı enterokok olarak tanımlanmıştır. Enterokokosel agarda üreyen kolonilerin Vitek 2 ile değerlendirilmesi sonucu, vankomisine duyarlı enterokok olarak tanımlanan iki örnek PCR ile vanB pozitif tespit edilmiştir. Ancak bu örnekler E-test ile VRE olarak doğrulanmış ve PCR ile alınan sonucun doğru olduğuna karar verilmiştir. PCR ile iki kez çalışılmasına rağmen sonuç alı- namayan (invalid) bir örnek kültür sonucunda negatif olarak saptanmıştır. Kültür ile negatif bulunan yedi örnekten beşi GeneXpert® ile vanA, ikisi vanB olarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda GeneXpert® vanA/ vanB PCR sisteminin duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri sırasıyla %97.4, %98.4, %97.4 ve %97.4 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, GeneXpert® vanA/vanB PCR yöntemi, kısa sürede sonuç alınabilmesi yönünden kültür yöntemine göre giderek daha cazip görünmekle birlikte, maliyetinin yüksek olması nedeniyle, her laboratuvarın kendi imkanlarına göre en uygun yöntemi seçmesi gerektiği düşünülmüştür.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Halk ve Çevre Sağlığı, Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları
Kaynak
Mikrobiyoloji Bülteni
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
48
Sayı
4
