Hatipoğlu, Ömer FarukYaşar, Tuğçe2025-10-232025-10-232015https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=Br_XTptK8CZ70f0JGX9xEgbA_foa5ucdDAmA-Z4J-65UnDCs1guen5zmQSfvD9C1https://hdl.handle.net/20.500.12899/1554Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Genetik Ana Bilim DalıHepatosellüler karsinoma (HSK) genelde kronik karaciğer zemininde gelişen karaciğerin primer bir tümörüdür. Kronik karaciğer hastalığı zemininde gelişen HSK on yıllar boyunca mevcut cerrahi ve cerrahi uygulanamayan vakalarda kemoembolizasyon, kemoterapi, alkol enjeksiyonu, radyofrekans ablasyonu gibi yöntemlerdeki gelişmelere rağmen sağkalım oranlarında önemli bir değişim olmamıştır. Mevcut tedavilerin yetersiz kalmasında en büyük etken, kanserin başlangıç ve sonraki büyüme mekanizmalarının bilinememesi, erken teşhisin yapılamamasıdır. Son yıllarda en heyecan verici buluş küçük engelleyici RNA (siRNA)'ların gen sessizleştirilmesinde kullanılabiliyor olmasıdır. Mekanizma olarak RNAi (RNA interferans), gen ekspresyonunun düzenlenmesinde önemli rol oynayan bir sistemdir. Kemik Morfojenik Protein (BMP), büyüme faktörlerinin geniş bir ailesi olan Transforme edici büyüme faktörü beta ailesinin (TGF-?) bir üyesidir. BMP ailesinin alt üyesi olan BMP9, hücre farklılaşmasında, çoğalmasında, büyümesinde, apoptozda önemli rol oynamaktadır. BMP9 ekspresyon analizi, BMP9 proteininin hepatositler ve intrahepatik safra yolu epitel hücreleri tarafından üretildiğini göstermektedir. Bu çalışmada; HepG2 insan hepatosellüler karsinoma hücre hattı, BMP9 genine özgü siRNA ile transfekte edilerek BMP9 geninin ne kadar sessizleştirildiği ve gen ekspresyon düzeyi total RNA kullanılarak qRT-PCR'da belirlenmiştir. Aynı şekilde BMP9 sinyal yol alt bileşenleri olan SMAD1/5/8, SMAD4 ve hedef genlerden p21, Id1 ve Id2 genlerinin ekspresyonları bu genlere özgü mRNA primerleri tasarlanarak bloke edilip edilmediği ortaya konuldu. Bununla beraber protein seviyesindeki değişiklikleri gözlemleyebilmek için de BMP9 ve alakalı diğer proteinler Western Blotting yapılarak teyit edilmesi sağlanmıştır. Bu sessizleştirmenin hücre çoğalmasını nasıl etkilediği xCELLigence Gerçek Zamanlı Hücre Analiz Sistemi ile ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlar incelendiğinde, HepG2 insan hepatosellüler karsinoma hücre hattında BMP9-siRNA kullanımı sonucu en etkili susturmanın 48.saatte 25nM konsantrasyonda (%64) olarak belirlendi. Aynı zamanda BMP9, HepG2 hücrelerinde hücre proliferasyonunu susturduğu (baskıladığı) da ortaya konmuştur. Sonuç olarak hepatosellüler karsinomada önemli rol olan BMP-9 geninin siRNA yöntemi kullanılarak sessizleştirilmesi ve hepatosellüler karsinoma oluşum mekanizmalarında en önemli aşamalardan biri olan bu sürecin tedavisinin mümkün kılınacağını ve kanser tedavisinde oldukça faydalı bir araç olabileceği belirlendi. Anahtar Sözcükler 1. Kanser 2. Hepatosellüler karsinoma 3. BMP9 4. RNAi 5. siRNAHepatocellular carcinoma (HCC) is a primary tumor of the liver that generally develops as a result of chronic liver disease. Available treatments include surgery, or in cases in which surgery is not a viable option, treatment methods such as chemoembolization, chemotherapy, alcohol injection and radiofrequency ablation are used. Despite decades of developments in these treatments for HCC, there has been no significant change in the survival rate for patients with this disease. The major factors that contribute to the insufficiency of treatment is the fact that early diagnosis is not possible, there is insufficient understanding of how this cancer develops, and little knowledge of subsequent growth mechanisms. In recent years, the most exciting finding has been the possible use of smallinterfering RNA (siRNA) for gene silencing. The mechanism involved, RNA interference, plays an important role in regulation of gene expression. Bone morphogenetic proteins (BMP) makes up a large family of growth factors and is a member of the TGF beta (TGF-?) family. One of the members of the BMP family, BMP9, plays an important role in cell differentiation, proliferation, growth and apoptosis. Expression analysis has shown that BMP9 is produced by hepatocytes and intrahepatic and biliary tract epithelial cells. In this study, using transfection of BMP9-specific siRNA to a human hepatocellular carcinoma cell line (HepG2), we show gene knock-down using qRTPCR. We analyze the expression of genes in the BMP9 pathway including SMAD 1/5/8, SMAD4 and target genes p21, Id1 and Id2. In addition, we also analyzed changes in protein expression of these genes using Western Blot. To determine the effect of BMP9 siRNA-mediated knock-down on cell proliferation, we used the xCELLigence real-time cell analysis system. The most significant level of BMP9 knock-down (64%) was seen with a dose of 25 nM at 48 hours after transfection of HepG2 cells. It is also shown that BMP9 reduces proliferation in HepG2 cells. In conclusion, using siRNA silencing of BMP9, which is known to play an important role in HCC, we show that this gene plays an important role in development of HCC and that suppression of this gene could be used in cancer treatment. Keywords 1. Cancer 2. Hepatocelluler carcinoma 3. BMP9 4. RNAi 5. SiRNAtrinfo:eu-repo/semantics/openAccessGenetikGeneticsYüksek Lisans1121424691