Diyarbakır ili domates üretim alanlarındaki fitoplazma hastalıklarının moleküler yöntemler ile araştırılması

Abstract

Diyarbakır ili domates üretim alanlarındaki fitoplazma hastalıklarının belirlenmesi amacıyla 2018 yılında sürvey çalışmaları yürütülmüş ve fitoplazma belirtisi gösteren ve göstermeyen toplam 278 adet yaprak örneği rastgele toplanmıştır. Toplanan örneklerde fitoplazma varlığı, R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 üniversal primerlerin kullanıldığı Nested qPCR yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Nested qPCR yöntemi ile testlenen örneklerin 7 (%2.5)'sinin fitoplazma etmeni ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Fitoplazma örneklerine ait 1.250 bp'lik amplifikasyon ürünü 16S rDNA dizilerinin BLAST ve sanal RFLP analizleri sonucunda 7 domates örneğinin 1'i 'Candidatus Phytoplasma solani' (16Sr group XII, subgroup A) ile 6'sının ise 'Candidatus Phytoplasma trifolii' (16Sr group VI, subgroup A) ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Fitoplazma izolatlarının 16Sr DNA dizilerine yapılan çoklu dizi karşılaştırmasında Diyarbakır izolatlarının dünyadaki diğer fitoplazma izolatları ile %99-100 arasında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Yürütülen bu çalışma ile 'Ca. P. solani' ile 'Ca. P. trifolii' Diyarbakır ili domates üretim alanlarında ilk defa rapor edilmiştir.

Survey studies were carried out in 2018 in order to determine phytoplasma diseases in tomato production areas of Diyarbakır, and a total of 278 leaf samples with and without phytoplasma symptoms were collected randomly. The presence of phytoplasma in the collected samples was investigated using the Nested qPCR method using universal primers R16mF2 / R16mR1 and R16F2n / R16R2. It was determined that 7 (2.5%) of the samples tested with Nested qPCR method were infected by phytoplasma agent. As a result of BLAST and virtual RFLP analysis of 16S rDNA sequences of 1,250 bp amplification product of phytoplasma samples, one of the seven tomato samples was identifed as "Candidatus Phytoplasma solani" (16Sr group XII, subgroup A) and remaining 6 were "Candidatus Phytoplasma trifolii" (16Sr group VI, subgroup A). In multiple sequence comparison of phytoplasmal 16S rDNA sequences, it was found that Diyarbakır isolates were shared 99-100% similarity with other phytoplasma isolates in the world. With this work carried out 'Ca. P. solani' and 'Ca. P. trifolii' was reported for the first time in the tomato production areas of Diyarbakır.